有德、尚可义和毛永俊、毛永杰分别担任营官。一个跑营由孔有德暂时兼领。每个营满编500人。其中炮营装备六磅炮40门作为陆地攻坚主力。

    水师方面成立一个侦察营，平时负责舟山岛巡逻、警戒。战时负责战场情报和舰队周围警戒。新建造至少六艘侦察快船，另外暂时划拨六艘海沧船到侦察营。

    贸易船队与战舰剥离，作战舰队方面成立三个分舰队，分别由尚可喜、达代应和毛安带领。每个分舰队至少六艘以上主力炮舰，四艘护卫兵船，两艘侦察快船和一艘补给船。